藥師佛即藥師琉璃光如來的簡稱，為東方淨琉璃世界的教主。在淨琉璃淨土中，沒有惡趣及種種苦事，如《藥師如來本願功德經》所記載：藥師如來的淨琉璃淨土，以琉璃為地，金繩界道，城闕宮閣，軒窗羅網，皆七寶所成，其國土莊嚴有如西方極樂世界。
琉璃世界中，有日光遍照菩薩、月光遍照菩薩二位脅士，協助藥師佛弘揚佛法，合稱為「東方三聖」。日光代表智慧，月光代表慈悲，顯示修行是無論晝夜，這念心皆要保持如日光、月光般光明、清淨。白天，這念心能作主，照天照地；晚上，這念心也能作主，不作夢。如此日夜精進不懈，必能成就佛果。所以，此二位菩薩代表因地的修行，修德有功，即可成就同藥師如來般的莊嚴佛果。
藥師如來因地修菩薩行時，曾發十二大願，願除一切眾生病苦，令一切眾生身心安樂。其中第七願：「願我來世得菩提時，若諸有情，眾病逼切，無救無歸，無醫無藥，無親無家，貧窮多苦，我之名號一經其耳，眾病悉除，身心安樂，家屬資具，悉皆豐足，乃至證得無上菩提。」因此，若人能以恭敬心，供養藥師如來，或稱念藥師佛聖號，即能消災延壽，醫治百病，解除各種頑疾痛苦，遠離一切貧窮。
經云：「隨其心淨，則佛土淨。」真正的淨土就在自心當中。當我們心中有了障礙，淨土就非常遙遠。若將心中的障礙革除，這念心時時保持清淨，則不僅現世時時處在淨土中，將來所感的果報亦是生在諸佛清淨莊嚴的國土。
藥師法門的殊勝功德
消災延壽 隨願滿足
藥師如來因地修行發十二大願：一願眾生光明相好，如佛無異；二願眾生見佛光明，悉蒙開曉；三願眾生所受用物，皆得無盡；四願行邪道者咸返菩提，小乘行者安立大乘；五願眾生修行梵行，得不缺戒；六願眾生聞名稱念，病苦除癒；七願眾生身心安樂，乃至菩提；八願眾生隨其所求，具丈夫相；九願眾生皆生正見，習菩薩行；十願眾生解脫一切憂惱苦楚；十一願眾生飲食飽滿，法喜安樂；十二願眾生隨其所好，莊嚴具足──無一不契合於眾生所關注的現世生活需求，因此太虛大師曾讚歎《藥師經》特別合於現代人類生活相資相養的關係，可令眾生得消災延壽之益。
發大乘心 速得成佛
然而修持藥師法門，若僅僅注意資養現實的人生，則唯獲人天福報而已。弘一大師強調，《藥師經》其實是一乘速得成佛的法門，並非專說世間法而已，所以讀誦此經，應特別留心於「應生無垢濁心、無怒害心，於一切有情起利益安樂、慈悲喜捨、平等之心」一段。蓋無垢濁心、捨心、平等心就是智慧心；無怒害心、利益安樂眾生之心就是悲心，若能依以上經文，發起「悲智」弘願，悲智為因，菩提為果，以出世的精神來做世間的事業，不但能得上品圓滿的戒，將來速得成佛亦無容疑。